V Indii se při výrobě čaje běžně používá alespoň 13 druhů pesticidů. Je‑li zbytek z těchto pesticidů na zpracovaném čaji, může být vyluhován do šálku. Rychlost vyluhování pesticidů se velmi liší. Existují záznamy o pesticidech zjištěných v baleném čaji, včetně pesticidů, jejichž použití je zakázáno.

Organické pěstování čaje není okamžité řešení všech problémů v čajových oblastech. Mnohé zemědělské postupy mohou být certifikovány jako organické, přitom dopustily porušování lidských práv nebo jsou škodlivé pro životní prostředí. Organické označování a certifikace je někdy spojeno s fair trade, ale tyto dva typy certifikace jsou samostatné a nemusí nutně jít ruku v ruce. Také monokultura v plodinách a nedostatek nerušených přírodních ekosystémů je problém, který není řešen ekologickou certifikací. Některé přístupy, jako biodynamické zemědělství, zahrnují nepoužívání určité části půdy a zanechává ji jako přírodní ekosystém za účelem zachování biologické rozmanitosti.

Také výrobek kontrolované ekologické výroby nezaručuje, že je nejlepší volbou z hlediska vlivu na životní prostředí. Některé produkty mohou být zpracovány, zabaleny a přepravovány způsoby, které spotřebovávají velké množství energie a zdrojů. Například organické certifikované čaje balené v čajových sáčcích a krabicích spotřebují více energie a vytvoří více obalových odpadů, než volně sypaný čaj i když je pěstován konvenční (neorganickou) metodou.